Urodził się w Kapsztadzie w RPA. Studiował grę na fortepianie i organach, muzykologię oraz kompozycję na Uniwersytecie Kapsztadzkim, gdzie uzyskał stopień doktora. Jeszcze jako student był asystentem organisty w katedrze w rodzinnym mieście. W Londynie pełnił funkcję krytyka muzycznego w „The Times” (1994–2005) oraz „The Sunday Telegraph” (2005–2014), a także pisał dla czołowych gazet na całym świecie, w tym dla „The New York Times”. Jest stałym wspołpracownikiem „BBC Music Magazine”, publikował też w wielu czasopismach naukowych, w tym „Cambridge Opera Journal” oraz „Studiach Chopinowskich”. Był redaktorem programow Festiwalu Glyndebourne, a obecnie pełni podobną funkcję dla Wexford Festival Opera. Często prowadzi wykłady, opublikował dwie książki oraz rozdziały w kilku innych pracach, a także artykuły do New Penguin Opera Guide i New Grove Dictionary of Music and Musicians. John Allison jest redaktorem magazynu „Opera with Opera News”, uznawanego za jedno z najważniejszych na świecie czasopism poświęconych wszelkim aspektom sztuki operowej. Jest także autorem tekstow o muzyce, a jego zainteresowania skupiają się wokoł literatury fortepianowej oraz muzyki Europy Środkowej i Wschodniej. Zasiadał w jury międzynarodowych konkursow muzycznych, m.in. w latach 2022 i 2025 pełnił funkcję przewodniczącego jury Międzynarodowego Konkursu Wokalnego im. Stanisława Moniuszki w Warszawie. W 2013 r. wspołzałożył Międzynarodowe Nagrody Operowe.